LOGO设计理念:

本次研究院的LOGO设计主要体现科技发展与承载责任，风格稳重内敛，重点突出了研究院的科学研究和人才培养，同时强化研究院与发源地南京之间的联系，适当的突出了绿色智能船舶技术。设计风格上使用具象事物简化成院徽的形式，是国内外研究院及院校常用的设计方式。

南京水云运输研究院根植于南京，长江水横穿南京，南京的受长江的影响颇多，船舶航运与长江密不可分。南京长江大桥是第一座由中国自行设计和建造的双层式铁路，它是南京的标志性建筑，江苏的文化符号、中国的辉煌，也是著名景点，被列为新金陵四十八景。于是我们想把南京长江大桥融入标志设计中......

由具象的象征事物着手，我们将南京长江大桥、船舶、雪松、船锚方向舵巧妙结合，加上研究院全称及其首字母缩写，设计成一个具有科研气质的研究院院徽。南京长江大桥代表创造荣誉进取向上，结合船舶代表了承载希望与责任；船舶造型是行业的属性体现，代表了船舶研究，航运咨询；雪松是南京的市树，组合船舶一起，是在栽（载谐音）树育人；体现研究院培养专业技术人才，同时植物是代表绿色环保；船锚与方向舵除了有修饰作用也代表踏实的根基和勇于进取的动力。

英文全称：Nanjing Shuiyun Transportation Institute由于中文全称过长；标志设计上方标明了地域和商号的拼音南京水云；标志设计下方标明行业和主体属性运输研究院。